Historia parafii
Pierwsza wzmianka o Kościele Świętego Mikołaja w Skwierzynie pochodzi z 1226 roku. Mniej więcej z tego okresu pochodzi część murów w prezbiterium, które w szczątkowej postaci zachowały się do dziś. Domniema się, że pierwotnie świątynia zbudowana była w znacznym stopniu z drewna. W XV wieku wybudowano nowy budynek na miejscu starego kościoła, tym razem w całości z cegły. Plan ówczesnego budynku pokrywa się niemal w całości z dzisiejszym kształtem świątyni. W 1507 patronem kościoła został św. Mikołaj Biskup.
W 1540 Kościół Świętego Mikołaja stał się świątynią protestancką. W tym czasie większość mieszkańców Skwierzyny była właśnie tego wyznania. W związku z tym starosta międzyrzecki, Stanisław Myszkowski przekazał w ich ręce kościół. Stan taki utrzymywał się do 1605, kiedy to biskup poznański, Wawrzyniec Goślicki interweniował u starosty międzyrzeckiego, Jana Zamojskiego w sprawie kościoła. Dostojnik kościelny zażądał, aby świątynia powróciła ponownie w posiadanie katolików.
Świątynia wielokrotnie cierpiała z powodu pożarów, które nawiedzały całe miasto (m.in. w 1624 i 1712).
Gruntowna przebudowa budynku nastąpiła w latach 1861–1863. Uzyskał on dzisiejszy kształt. Nowa budowla została konsekrowana 17 maja 1863 przez biskupa pomocniczego poznańskiego Franciszka Stefanowicza.
Kościół uniknął spalenia po wkroczeniu do miasta Sowietów w 1945 roku, ponieważ urządzili oni wewnątrz świątyni magazyn rekwirowanego mieszkańcom różnorakiego sprzętu.
Po II Wojnie Światowej Skwierzyna znalazła się w granicach Polski. Pierwszym polskim proboszczem po 1945 został ojciec Felicjan Gomółczak (bernardyn). Jednak już w listopadzie tego samego roku kościół i całą parafię przejęło Zgromadzenie Księży Misjonarzy św. Wincentego a’Paulo. Zaraz po wojnie w kościele znalazł się Obraz Matki Boskiej Klewańskiej, przywieziony potajemnie przez polskich repatriantów z Klewania na Wołyniu. W obawie przed komunistami był on ukrywany przez szereg lat, a jego oficjalne umieszczenie w ołtarzu głównym kościoła miało miejsce w 1968.
22 maja 2021 dekretem biskupa Tadeusza Lityńskiego kościół św. Mikołaja został ustanowiony Sanktuarium Matki Bożej Klewańskiej – Patronki Rodzin Przybyłych z Kresów.
